Struktur Organisasi Madrasah Aliyah Negeri 2 Magetan terdiri dari : 
a. Kepala Madrasah   : Dra. Anna Zuhrufiyah Nurany M.Pd
b. Pengurus Komite : H.Giana.M.Ag
c. Bendahara 1 : Hamim Thohari

d. Bendahara 2 : Dra.Siti Wakingah
e. Anggota : 

- Dra. Warsibingatin

- Drs.Gutomo

- Soleh Suratman,S.Pd

- Marsudi

- Kowiyun

f. Sekretaris 1 : Rustamaji

g. Sekretaris 2 : Imam Sumartaya,S.Pd